Visi STTII AMBON: 

Menjadi Program Studi Yang Menghasilkan Sarjana Yang Berkompetensi Sebagai Penginjil Pengajar Dan Gembala Jemaat.

Misi STTII AMBON:

1. Menyelenggarakan pendidikan teologia yang Alkitabiah untuk memperlengkapi mahasiswa menjadi pendidik, pengkhotbah yang mampu mengjarkan Alkitab secara teologis, serta siap terjun di tengah-tengah masyarakat dan pemerintah untuk menjawab setiap kebutuhan bidang kerohanian.
2. Menyelenggarakan pendidikan teologia yang Alkitabiah untuk mempersiapkan hamba Tuhan yang berkarakter Kristiani dalam pelayanan.
3. Menyelenggarakan pendidikan teologi yang Alkitabiah dan menerapkan strategi pekabaran injil dan pendirian gereja lokal